Im Zuge der Industrialisierung siedelten sich um 1900 entlang der Bahnstrecke und des Kanals in Hiltrup einige Industriebetriebe an, wie etwa die Max-Winkelmann-Werke (heute BASF). Dies sorgte für ein starkes Bevölkerungswachstum, welches sich auch in der Zahl der Gläubigen in Hiltrup widerspiegelte: Lebten 1851 etwa 650 Katholiken in Hiltrup, waren es nur knapp 60 Jahre später, kurz vor dem Ausbruch des Ersten Weltkriegs, schon 1.600. Die bisherige Kirche der Gemeinde, Alt-St. Clemens, konnte längst nur noch einen Bruchteil der Gläubigen aufnehmen. Infolgedessen kam es innerhalb der Gemeinde und mit dem Bistum zu Diskussionen, bei denen unter anderem eine Erweiterung der alten Pfarrkirche und ein Abriss mit anschließendem Neubau an gleicher Stelle in Erwägung gezogen wurden. Letztlich entschied sich die Gemeinde für den Bau einer neuen Kirche auf der mit 67,5 Meter über Normalnull nahezu höchsten Erhebung des Ortes seitlich der Hohen Geest. Damit entwickelte sich Hiltrup zunehmend weg vom alten Dorf an der heutigen Westfalenstraße hin zu seinem heutigen Zentrum, der Marktallee, die die Industrieansiedlungen am Kanal mit dem Dorfkern verband und wo sich seit der Jahrhundertwende zahlreich Neubauten ansiedelten. 1913 wurde die neue Pfarrkirche eingeweiht.

St. Clemens ist eine dreischiffige, neuromanische Basilika mit Jugendstilelementen, die nicht, wie bei Kirchen allgemein üblich, nach Osten ausgerichtet ist, sondern deren Chorapsis nach Norden zeigt. Das steile Satteldach wird von zwei mächtigen, quadratischen Chorflankentürmen überragt. Die 44,5 Meter hohen Türme werden von leicht abgewalmten Mansardendächern mit kleinen, spitzförmigen Dachfenstern gekrönt.

Im Zweiten Weltkrieg wurde die St. Clemens-Kirche bei Fliegerangriffen 1944 und durch Artilleriebeschuss 1945 beschädigt. Zu weiteren baulichen Veränderungen kam es im Zuge der Reformen des Zweiten Vatikanischen Konzils (1962-1965), das die angestrebte Wende von der hierarchischen zur "demokratischen Kirche" auch im Innenraum und in der sakralen Kunst sichtbar machen wollte. Dies wirkte sich vor allem auf die Gestaltung des Altarraums aus, der zukünftig eine stärkere Hinwendung an die Gemeinde ermöglichen sollte, sowie auf Art und Zahl der Andachtsbilder. In Hiltrup begann man 1967 mit einer entsprechenden Umgestaltung. Auf Rat der bischöflichen Kunst- und Liturgiekommission wurden unter der Leitung des Architekten Chr. van Hausen Hochaltar und auch die Seitenaltäre mit ihrem üppigen Figurenschmuck von ihren alten Standorten entfernt, ebenso die Kanzel, die Kommunionbank, die bunten Fenster und die farbige Wandgestaltung. Ein neuer Altartisch wurde aus alten Einzelteilen neu zusammengesetzt und so im Chor platziert, daß von drei Seiten die Gläubigen am Geschehen während der Messe teilhaben konnten. Die Figuren der zwölf Apostel im Chorraum, seitlich auch die Heiligen Bona-ventura und Franziskus sowie Johannes und Maria sind erhalten geblieben. Mitten im Chor hängt ein großes, neu gestaltetes Kreuz mit einem Corpus aus dem alten Hochaltar.

Im Jahr 2007 wurde die alte Orgel durch eine neue von Romanus Seifert ersetzt. Die letzte Sanierung des Innenraums erfolgte 2020/21. Aus dieser Phase stammen die bunten Fresken im Gewölbe sowie an der Rückwand des Altarraumes, die an die ursprünglich farbige Ausgestaltung des Kirchenraums anknüpfen.

Luftaufnahme der Pfarrkirche St. Clemens (Aufnahmedatum unbekannt)

Luftaufnahme der Pfarrkirche St. Clemens (Aufnahmedatum unbekannt)